Специалисты Центра гигиены и эпидемиологии при проведении санитарно-эпидемиологической экспертизы руководствуются действующими нормативами. В настоящее время (в Вашем случае) действует СП 1.2.731-99 "Безопасность работы с микроорганизмами III - IV групп патогенности и гельминтами".
В этом СП кроме п. 4.2.10 есть еще: 1) п. 4.2.16.: Имеющаяся вытяжная вентиляция из "заразной" зоны лаборатории должна быть изолирована от других вентиляционных систем и оборудована фильтрами тонкой очистки воздуха. При использовании боксов биологической безопасности 2 класса система вытяжной вентиляции может быть использована без установки фильтров;
2) п. 4.2.17. Эксплуатация вентиляционных устройств проводится в соответствии с Инструкцией по эксплуатации и контролю эффективности вентиляционных устройств на объектах здравоохранения (см. "Инструкция по эксплуатации и контролю эффективности вентиляционных устройств на объектах здравоохранения" от 20 марта 1975 г. - МЗ СССР, 1975 г.);
3) 4.5. Требования к проведению работ с аэрозолями - почитайте внимательно;
4) и еще есть ряд документов по проектированию.
Получается, что фильтры тонкой очистки ставить нужно, не смотря на то, что лаборатория действует 12 лет.